1999年中国足球协会杯（简称“足协杯”）是1999年由中国足球协会主办的淘汰制杯赛，赛事于1999年4月18日开赛，12月12日结束。山东鲁能泰山足球俱乐部最终夺得冠军。
12月9日决赛首回合在大连市人民体育场进行，大连万达主场1比1战平山东鲁能泰山，宿茂臻与王鹏分别为两队进球 。次回合于12月12日在济南举行，山东鲁能泰山主场3比2战胜大连万达实德，外援罗麦多在第72、81、89分钟连入三球上演帽子戏法，帮助球队逆转取胜，以两回合总比分4比3夺冠 。山东鲁能泰山由此成为首支同年包揽中国职业足球联赛和杯赛冠军的“双冠王”球队，并斩获队史第二个足协杯冠军 。
上海申花和延边足球俱乐部（吉林敖东）并列第三名 ，宿茂臻获评“99飞利浦中国足坛真汉子”，云南红塔获“黑马奖” 。
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