飞行检查是医疗保障行政部门针对定点医药机构、医保经办机构等开展的不预先告知的现场监督检查，由国家或省级医保部门组织实施，采用“以上查下、交叉互查”模式，重点查处重复收费、串换项目、虚假诊疗等违规使用医保基金行为 ，并全面采取“四不两直”方式确保检查真实有效 。
2019年起国家医保局逐步建立飞行检查制度，2023年5月《医疗保障基金飞行检查管理暂行办法》施行，确立“双随机、一公开”原则及跨区域交叉检查机制 。检查范围从公立医疗机构扩展至民营机构、零售药店，并自2024年起首次对既往检查机构实施“回头看”复查 。2024年数据显示已覆盖全国所有省份，检查500家机构，涉嫌违规金额达22.1亿元 。截至2023年，全国累计检查定点医药机构357.9万家次，追回资金835亿元，形成智能监控与现场核查相结合的常态化监管体系，并开发大数据模型筛查可疑问题线索 。2025年12月全国医疗保障工作会议披露，5年来共追回医保资金约1200亿元，2026年将持续加大飞行检查力度，实现全覆盖并对突出问题开展“点穴式”检查 。
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