当地时间2025年4月21日，美国哈佛大学表示，已对特朗普政府提起联邦诉讼，称其冻结数十亿美元的联邦资金，非法损害了学校的学术独立性，侵犯了学校的宪法权利。
2025年4月22日，美国白宫新闻秘书莱维特说，特朗普政府将在法庭上对哈佛大学提起的诉讼作出回应。 当地时间5月13日，美国政府表示，终止哈佛大学4.5亿美元拨款。 5月14日，哈佛大学宣布，将拨款2.5亿美元支持研究。 5月22日，美国国土安全部表示，特朗普政府已暂停哈佛大学招收国际学生的资格。哈佛大学称，国土安全部阻止其招收国际学生的举动“违法”。哈佛大学表示将全力维持招收来自140多个国家的国际学生和学者的能力。 5月24日，澳门特区政府教育及青年发展局表示，对于美国政府禁止哈佛大学招收国际学生的相关事件，教青局密切关注最新动向，鼓励澳门高校留意最新情况，为受影响的学生提供转学便利及协助，保障学生就学权益，具体措施将由各高校按实际情况订定。 当地时间2025年7月21日，与哈佛法庭激辩后，特朗普猛批主审法官威胁上诉。 当地时间9月3日，美国法官裁定特朗普政府冻结哈佛大学超过20亿美元联邦资助的行为系非法。美国白宫发言人利兹·休斯顿当天发表声明回应说，美国政府将对此裁决提出上诉。
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