D316次列车存在不同线路，不同线路的全途站点不同，具体如下：
线路一：郑州东到呼和浩特东的D316次列车该线路途经站点较多，从郑州东站出发后，依次经过郑州站，这是郑州市内重要的交通枢纽，连接着城市内外众多线路；修武西站，为修武县及周边地区居民出行提供便利；焦作西站，服务焦作西部区域；晋城东站，是晋城市的重要对外交通站点；高平东站，方便高平地区旅客出行；长治南站，为长治南部地区提供交通服务；襄垣东站，满足襄垣县及周边出行需求；武乡站，服务武乡地区；榆社西站，是榆社县的重要站点；太原南站，作为山西省重要的高铁枢纽站，连接着多条重要线路；太原站，是太原市的老牌火车站，历史悠久且客流量大；阳曲西站，方便阳曲地区旅客；忻州西站，服务忻州西部区域；大同南站，是大同市的重要高铁站点；乌兰察布站，为内蒙古自治区乌兰察布市提供交通服务；最终到达呼和浩特东站，是内蒙古自治区呼和浩特市的重要交通枢纽。
线路二：南京南到上海虹桥的D316次列车此线路途经站点相对较少，从南京南站出发，它是南京市的重要高铁站，连接着众多城市；接着经过镇江南站，服务镇江地区；常州北站，方便常州市北部区域旅客出行；无锡东站，为无锡市东部地区提供交通服务；苏州北站，是苏州市的重要高铁站点；阳澄湖站，因临近阳澄湖而得名，方便周边旅客出行；最终抵达上海虹桥站，作为上海市的重要交通枢纽，连接着国内外众多线路，客流量极大。
