731遗址并未完全挖掘干净。以下是具体原因：
遗址规模和复杂性：731遗址是日本在二战期间进行细菌战和人体实验的重要场所，其规模和复杂性使得完全挖掘和清理工作变得非常困难。该遗址包含多个建筑物和地下设施，其中一些可能仍然隐藏着未被发现的证据和遗物。
历史敏感性：731遗址涉及敏感的历史问题，如日本在战争中的暴行和人体实验等。因此在挖掘和清理过程中需要非常谨慎和小心，以确保不会破坏或丢失任何重要的历史证据。
资金和人员限制：挖掘和清理731遗址需要大量的资金和专业人员，而这些资源可能难以获得或分配，从而限制了挖掘工作的进度。
尽管尚未完全挖掘干净，但已经进行的挖掘和调查工作已经揭露了日本在战争中的罪行和暴行，为历史研究和教育提供了重要的资料和证据。未来，随着技术和资源的不断发展，相信对731遗址的挖掘和清理工作会不断取得新的进展。
