游戏允许玩家自命名角色。主角在游戏开始时，在后山遇到张松溪，他受伤了，被主角带回家疗伤。张松溪告知主角需要一种名为龙须草的植物来治疗伤口，并在临走前教授了一套拳法。主角出门后，与村中的NPC进行对话，然后前往山野猪岭的西边。在那里，主角可以击败蟒蛇，从而找到龙须草。回家后，张松溪用了龙须草治好了伤，还送给主角一副手套作为奖励。几天后，张松溪恢复了健康，并前往东面的武当山寻找主角。在武当山，主角需要教训两位守门的弟子，才能进入密室。主角破解密室后，遇到了张松溪。跟随他前往武当大殿拜访张三丰，学到了一套八卦掌。通过与六位弟子对话，主角可以获得一些道具。在武当山的门口，再次遇到张松溪，进入大殿后得知武当的三位师兄遭受暗算，身中剧毒。主角决定前往峨嵋山调查此事。到达峨嵋山后，主角在大殿与两个峨嵋弟子及周芷若发生冲突。之后，主角见到绝师太后，她声称如果帮助她取得倚天剑，将提供解毒药。绝师太后指示周芷若协助主角。主角在大殿内找到密室入口，最终得到“未开封的倚天剑”。之后，主角发现一个用石头挡住的密室，需要九阳神功才能打破。出来后，主角将倚天剑交给师太并获得解毒药，与周芷若一同回武当山救治三位师兄。在下山的路上，主角听到张松溪等人讨论关于逍遥山庄的扬刀大会。主角与周芷若进入山庄，在混乱中进入内室。在那里，主角发现“未开封的屠龙刀”。随后，主角被白眉鹰王殷天正发现，殷天正扣下了周芷若，要求用九转还魂丹交换。主角回到村庄的药店购买九转还魂丹，交给殷天正后成功救出周芷若。回到武当山后，主角向张三丰报告情况。张三丰表示需要唐门的独门解药才能彻底治愈。主角前往唐门，掌门唐睁要求主角收集10个熊掌。主角前往天山猎熊，收集10个熊掌后返回唐门换取解药。主角回到武当山，治愈了三位师兄。张三丰提到武林各大门派准备讨伐明教的事，他决定寻求桃花岛的朋友了解详情。在下山途中，主角遇见村长，得知语嫣被抓。主角前往野猪岭的东郊，黑风洞内击败强盗头目后救出语嫣。回到村庄，主角思念周芷若，前往峨嵋山寻找她。主角可以前往桃花岛。在此之前，主角可以先去少林密室。闯过后，见到智光大师，得知需要三块千年寒铁才能开启倚天剑。主角前往雪山，获取九阳神功。收集完三块千年寒铁后，回到少林密室交代情况，最终获得倚天剑。接下来，主角可以继续主线任务。在佳兴码头雇船前往桃花岛，见到晦弘大师后，了解明教的由来及金毛狮王谢逊的下落。主角可寻找10个高品质的玄晶，交给晦弘大师换取狮子吼神功的秘籍。之后，主角雇船前往文明码头，到达乐游山庄。与谢逊对话后，主角将与丹青生、秃笔翁、黑白子、黄钟公四人交战。战胜他们后，从谢逊口中得知明教的状况，并获得七伤拳秘籍。主角前往明教打听消息。在上山途中，主角发现小昭被杨逍抓上山。主角进入明教后被包围，与杨逍交战。在逃往宫殿的路上，主角遇见小昭，她帮助主角开启暗门进入禁地。在那里，主角与成昆交战，打败成昆后，成昆逃走并锁死了石门。主角离开石门后，遇到青翼蝠王韦一笑和杨逍。战胜他们后，主角获得圣火令和乾坤大挪移。明教教众推举主角为教主，主角成为明教的新领袖。
