非专业人士，强答一下。
首先……也许题主可以试试360系统急救箱的强力模式（需要联网）。
强力模式的360系统急救箱使用了很多比较激进的手段来避免恶意驱动的干扰。
或者，在WinPE下使用360系统急救箱WinPE版。
市面上应该还有其他类似的工具，我记得卡巴斯基就有推出系统急救盘，题主如果不接受360的产品，可以尝试其他厂商的类似工具。
关键在于：离线扫描。这样可以避免恶意驱动等干扰扫描。
比起低效的人肉“逐行”检查，还是专业的工具更有效率，更能扫清人肉检查无力触及的死角。
比如下面这起案例，只排查启动项大概肯定会无功而返：
下面的内容可能已经和“高效”搭不上边了……算是答主能想到的“挣扎”手段……
内核层面，的确有一些让人细思恐极的“trick”存在，比如：
我自己就碰见过一个内核rootkit，看上去是应用了类似“内核路径欺骗”的技巧，PCHunter的内核模块列表里没有显示恶意驱动的名字和路径。
如果怀疑加载了恶意内核模块，或者有系统文件被替换，我觉得有这么几个办法来追查，不过很折腾：
1.在WinPE、MSDaRT等离线环境下使用Autoruns等工具检查启动项，因为恶意驱动可能挂钩了内核、隐藏了自己的注册表项，这样就看不到它的启动项了；但WinPE环境下没有加载恶意驱动，也许就可以直接找到恶意驱动的启动项。
2.Process Monitor的Boot Logging功能。它可以记录自系统引导以来的各种系统事件，比如，可以过滤出LoadImage事件来检查是否加载了可疑的驱动（内核模式）或dll（用户模式）。
Bootkit可以通过开启SecureBoot、仔细检查BCD中的参数来排除。
3.使用火绒剑等其他分析工具进行监控、排查。不过恶意软件可能检测到分析工具的存在就会立即退出，以隐藏自己的行踪。
啊，说了那么多，题主大概早就重装了吧……
