T61次列车主要有北京西至昆明、成都西至喀什（作为T60/1次列车运行）两种线路行程，以下为详细介绍：
北京西至昆明线路：该线路运行于首都北京至云南省会昆明之间，沿京广铁路、沪昆铁路运行，跨越北京、河北、河南、湖北、湖南、贵州及云南六省一市，全程3174公里。2014年7月1日全国铁路调图后，取消了邢台、邯郸、安阳、信阳、安顺等停靠站。具体站点及时间安排为：从北京西站18:40始发，当天21:19到达石家庄，停留8分钟后继续前行；23:29到达安阳，23:31发车；第2天01:12到达郑州，01:20发车；03:55到达信阳，04:01发车；06:20到达汉口，06:24发车；06:43到达武昌，06:51发车；10:09到达长沙，10:17发车；11:07到达湘潭，11:09发车；12:22到达娄底，12:28发车；13:25到达冷水江东，13:27发车；16:33到达怀化，16:41发车；20:31到达凯里，20:37发车；23:32到达贵阳，23:43发车；第3天01:07到达安顺，01:09发车；03:34到达六盘水，03:40发车；06:14到达宣威，06:22发车；07:45到达曲靖，07:49发车；最终于10:21到达昆明终点站。
成都西至喀什线路（作为T60/1次列车运行）：该线路使用25K型车底，沿南疆铁路、兰新客运专线、陇海铁路、兰渝铁路和宝成铁路运行，途经新疆、甘肃及四川两省一区，全程3999公里，运行时间47小时55分。
