南京农业大学生物工程专业是隶属于该校食品科技学院的本科专业，于2000年正式招生。该专业拥有本、硕、博三个层次的完整培养体系，学制四年，授予工学学士学位 。专业旨在培养能在生物技术及生物工程领域从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发的人才，其专业教育以微生物发酵、酶工程和食品生物技术为特色 。
该专业于2009年获批为江苏省特色专业，并于2022年入选国家一流专业建设点和江苏省品牌专业 。专业主干学科包括生物学、化学和工程技术学，主要课程有物理化学与胶体化学、生物化学、分子生物学、微生物学、基因工程、发酵工程等 。专业教师共23名，其中教授7名，副教授9名。本科生升学率约32.2%，另有6.8%赴美国、荷兰留学，就业率在98%以上 。2023年，南京农业大学生命科学学院NAU-CHINA-DE团队在第三届国际定向进化大赛（iDEC）中获得国际金奖 。
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