机场工作人员发现后立即将其送到当地的医院，经诊断为“颈部无骨折脱位型脊髓损伤，鼻骨骨折，蛛网膜下腔出血”，伤势严重，已造成了四肢瘫痪。次日广州军区广州总医院骨科医院院长尹庆水应邀紧急到深圳会诊，最后两地医学专家决定立即将陈祖煜转到广州救治。
2010年5月11日晚，医院给他做了颈前路减压和植骨内固定的紧急手术。5月26日，陈祖煜已经能斜躺在病床上，手部能够自由比划，下肢也可以轻微运动。 2011年5月4日上午，年届68岁的中国科学院院士陈祖煜院士康复出院，接治陈祖煜的中国康复研究中心今天举办小型欢送会，庆祝院士恢复健康，已经可以不用搀扶行走约40分钟。
陈祖煜院士2010年6月转入位于北京的中国康复研究中心进行康复治疗，医院高度重视院士的病情，以李建军院长为首组成了会诊的专家团队，在11个月的时间里对陈祖煜的身体进行了多方位的治疗。
陈祖煜院士入院时年届67岁，在病床上还积极参与水利水电事业，在病床上完成了中科院的咨询项目报告——《我国重大工程数据的数字化与信息化》。
作为一个“学术型病人”，陈祖煜还自己制作“排尿日记”，绘制图表分析排量方差，在他看来“康复治疗这个医学分支很重要，但是现在重视得还不够。”
