东莞理工学院研究生院成立于2005年，前身为东莞理工学院研究生办。早在2005年东莞理工学院启动了校校联合培养研究生项目，分别于2005年和2007年与华南理工大学、暨南大学签订了共建研究生校外培养基地协议书，共同建设华南理工大学东莞研究生培养基地、暨南大学东莞研究生培养基地。2014年学校新增华中科技大学为联合培养研究生合作单位。2015年学校与广东工业大学签订联合培养研究生协议，按照省教育厅为学校单列的硕士研究生招生指标开展联合培养工作。
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