从现存文献来看，这俩在先秦时代肯定没什么关系。
楚帛书的伏羲和女填，跟后边比较流行的那版夫妻兄妹伏羲女娲之间没有继承关系。
他俩的夫妻关系，最早应该是在公元四世纪左右，净土宗先是将《无量寿经》和《起世因本经》缝合出了弥陀净土特供伪经《天地本起经》，然后再将故事里的观世音和大势至替换成了伏羲和女娲，形成了一批名为《造天地经》（《天地经》、《造立天地经》）、《须弥图经》（《须弥四域经》、《须弥像图山经》）的伪经。
在这批伪经中，伏羲和女娲是在天人因为食用地肥而失去光明、堕落为人类之时，由应声和吉祥两位菩萨化身的一皇一后，他们以七宝为材料创造出日月，教化民众，在死后回到了西方净土。
然后，在诞生于五世纪初的《天地开辟以来帝王纪》成书之前，有一个现在我们并不知道具体情况的版本，突然多出来一个这俩不仅是夫妻，而且还是兄妹的设定。
这个版本的故事后来流传到日本，演变成了记纪神话中的兄妹夫妻伊邪那岐和伊邪那美。
在这个版本的基础上，先是吸收了《帝王世纪》这类谶纬思想的儒家杂史，再吸收了道教的「洪水劫变，种民幸免」、「人类繁衍，分化民族」等母题，形成了我们所熟悉的经典洪水神话的现存最早版本——《天地开辟以来帝王纪》，伏羲女娲兄妹在大洪水灭世时幸存下来，结为夫妻，繁衍人类。
《天地开辟以来帝王纪》是一份在当时十分流行的儿童启蒙类书籍，因此让这类故事在民间广泛流传，传播的过程中，故事逐渐失去了儒释道的痕迹，形成了全国各地流传到近现代的各种洪水神话。
详细论证过程见本文，这个回答算是对文章的一个概括总结。
