能理解题主的困惑。其实这个锅得要普通话混乱的正音来背。“药”，“钥”，“跃”这三个字是同音字。按照韵书推导出来的读音应该是“yuè”。也就是说北京方言中这三个字的文读音，也就是正式书面语的发音，应该是“yuè”。但是，北京方言中很多字是有白读音的，也就是日常口语词汇的读音。这三个字的白读音应该是“yào”。在实际语言使用中，因为“药” 和 “钥匙” 常用，所以多读作白读音；“跃”不常用，只出现在书面词汇中，所以多读作文读音。和这三个字的文读白读相关的另几个字：“学”，“觉”，“约”，“削”，“雀”，其文读音分别是“xué”，“jué”，“yuē”，“xuē”，“què”，白读音是“xiáo”，“jiǎo”，“yāo”，“xiāo”，“qiǎo”。
普通话正音时很没原则地完全遵循北京话中的常见读音，而忽视普通话作为汉族通用语的系统性和传承性。导致本来同音的字变成不同音，且很多字文读白读并存，有时让人摸不着头脑。我觉得虽然普通话脱胎于北京方言，但既然普通话是要作为全国通用语的，就不能再完全遵循北京话的读音了，白读文读的区分完全没有必要保留，要么就全部采用白读音，要么全部采用文读音（个人还是倾向于采用文读音，因为毕竟普通话是正式场合使用的语言）。
回到题主的问题。假设遵循北京话的文白读规律，“公钥”中的“钥”应该读“yuè”，但是“钥匙”中的“钥”还是应该读“yào”。因为“钥匙”是生活词汇，应该用白读，“公钥”是纯粹的书面学术词汇，应该用文读。譬如，我们说“把这花生壳剥bāo开”，“把苹果皮削xiāo了”，但不能说“资本家剥bāo削xiāo劳动人民”，而是“资本家剥bō削xuē劳动人民”。
