小说以上海某知名医院的脑外科医生郑艾平的第一人称视角切入，“我”是一个想实现医生理想和抱负的人，但是他的工作又让这一愿望遇到层层阻碍。“这是我当主治的第四年，还没有机会看门诊，依旧在手术室和急诊间里混迹，甘当无名英雄。”“我”的同事大师兄刘晨曦、二师兄霍思邈三位年轻医生，性格各异，却都还想做个好医生。但在这个社会舆论中，人们心里已经习惯性地有个强势弱势的自然倾向性。就像警察与被捉的百姓之间一样，医生与病患之间，医生是强势，病患是弱势。而事实上病人的不信任、医闹的胡搅蛮缠、医疗纠纷的败诉，现实一次次地打击着这群医生。在这种压力巨大的气氛中，年轻的医生为他们的理想挣扎着：“我”的女朋友小蕾因为患者闹事而被打伤了，小蕾愤然辞职，同时也与不能保护自己的“我”分手；大师兄刘晨曦是个很讨患者喜欢的副教授，但自己孩子却因为肾衰竭每天在死亡边线徘徊；二师兄霍思邈是名医之后，爱慕漂亮演员小芹，对病人却有自己的一套同情心。他好心救治的重症病患赖月金成功从手术台推下，却最终未度过危险期。
小说聚焦在一群年轻人努力成为好医生，而又不得不面临社会现实的考验。揭示出在当代中国医患间痛苦的关系中，无论是患者还是医生，都不能简单地用白纸黑字来定义。政府的投入和医疗体制的改善、医患之间相互的信任、医生的仁心加仁术，才可能改变对立紧张的中国式医患关系现状。
六六曾经说过：“有一次自己带儿子看病，大夫给开了药性很强的抗生素，吃出抗药性后，再吃什么药都不管用了。但是大夫之所以开，是因为那个药有提成。当时很生气。”但是现在写《心术》的视角却恰恰与那时候不同。作为职业作家，六六总会站在自己的角度，然后又站在别人的角度去审视同一件事，使之人性化。“我现在觉得绝大多数医生都是好的——绝大多数。不好的医生所占比例，就像整个社会里不好的人所占的比例一样，他们与其他群体没任何区别。”六六如是说。当记者问及，是否害怕这本小说被人说成是站在医生的角度写医患关系，六六坦诚地说：“我并不是写医生的不易。而是理解，对所有人的理解。”
